Ahhoz, hogy két rendszer IPsec segítségével kommunikálhasson, mindegyiknek rendelkeznie kell egy olyan kapcsolattal, amely tartalmazza az IP-címet, azonosítva a hostnevet, az RSA-kulcsot és a mindkét rendszer magánhálózatát (ha van ilyen). Minden konfigurált kapcsolat ikonként jelenik meg a modul főoldalán. A kapcsolat létrehozásakor megadott konfigurációs adatok gyakran azonosak mindkét rendszeren, csak a helyi és a távoli szakasz cseréjekor. Minden olyan gazdagépnek, amely az IPsec használatával kíván kommunikálni, nyilvános / privát kulcspárral kell rendelkeznie, amelyet titkosításhoz és hitelesítéshez egyaránt használnak. A kapcsolat mindegyik végének tudnia kell a másik vég nyilvános kulcsát, amelyet akár a kapcsolat beállításaiban tárolhatnak, akár egy DNS-kiszolgálóról fel lehet keresni. A modul nyilvános kulcsának megjelenítése funkció használható a gazdagép kulcsának megjelenítésére.
Az IPsec bonyolultabb a többi VPN-protokoll beállításához, de biztonságosabb és képesbb, és az iparági szabványnak tekinthető. Sajnos sok konfigurációs hibát tehet, amelyek miatt a kapcsolat nem indulhat el, vagy egyszerűen csendesen elmulaszthatja a forgalom irányítását. Annak ellenére, hogy ez a modul védi az egyszerű hibáktól, nem képes megmenteni a komolyabb fogalmi problémáktól.
Ha a FreeSWAN 2-es verzióját használja, akkor a különféle házirend-fájlok szerkesztésére szolgáló ikonokat is láthat, amelyek meghatározzák, hogy a kommunikáció milyen típusú (titkosított vagy tiszta) lesz a különféle hálózatokban. Ezek általában változatlanok maradhatnak, mivel az alapértelmezés szerint titkosítás történik, amikor csak lehetséges.
Az oldal alján található gombok a FreeSWAN szerverfolyamat elindításához vagy leállításához, valamint az aktuális beállítások futtatásához történő alkalmazásához. A rendszer csak akkor tud létrehozni vagy fogadni IPsec kapcsolatokat, ha a szerver aktív. Az ebben a szakaszban a Kapcsolat indítása gomb felhasználható egy olyan IPsec-alagút létrehozásának kényszerítésére, amelyet a szerver indításakor nem jelenít meg automatikusan.